Muziejaus inicijuotiems projektams įgyvendinti gauta dalinė parama iš LKT – 18 000 eurų.
Nuo 2019 m. Mažosios Lietuvos istorijos muziejus, kaip asociuotas partneris, dalyvauja „Crossroads“/„Kryžkelės“, ES Interreg V-A Pietų Baltijos bendradarbiavimo per sieną projekte. Projekto tikslas – tarptautinis muziejininkų bendradarbiavimas ir naujų edukacinių metodų panaudojimas kultūrinėse įstaigose.