Ekspozicijos ir parodos yra visų muziejų vizitinė kortelė. Nuo jų konceptualumo, estetinio patrauklumo daugiausia priklauso muziejaus indėlis į visuomenės istorinės savimonės, vertybių sistemos, istorinio pažinimo, miesto ir regiono įvaizdžio formavimą ar gerinimą. Mažosios Lietuvos istorijos muziejus pristato šešias temines nuolat veikiančias ekspozicijas:
- Mažosios Lietuvos ir Klaipėdos krašto istorija (Didžioji Vandens g. 2)
- Klaipėdos krašto kalvystė (Šaltkalvių g. 2)
- Klaipėdos pilies ir miesto istorija (Klaipėdos piliavietė, Priešpilio g. 2)
- Muziejus 39/45, skirtas Antrojo pasaulinio karo laikų Klaipėdai (Priešpilio g. 2)
- Rezistencijos ir tremties ekspozicija (S. Nėries g. 4)
- Klaipėdos skulptūrų parko ekspozicija (Trilapio g.).
Kiekviena šių ekspozicijų turi savo temą. Tai vakarinių baltų, Rytprūsių, Prūsijos (Mažosios) Lietuvos, Klaipėdos miesto ir krašto tragedija 1944–1945 ir pokario metais, Klaipėdos krašto kaimo žmonių buitis, kultūra. Atskirai reikėtų paminėti Kalvystės muziejų, kurio įkūrimą lėmė keli veiksniai. Pirma: Šaltkalvių gatvėje tebestovi žymaus kalvystės meistro Gustavo Katzkės (Gustav Katzke) kalvė. Joje išliko G. Katzkės darbo įrankiai, kurie leido atlikti autentiškos aplinkos rekonstrukciją. Antra: muziejaus įkūrimą paskatino didžiulė sukaupta senųjų Klaipėdos kalvių ir šaltkalvių dirbinių kolekcija. Ypatingą vietą ekspozicijoje užima kalvystės dirbiniai iš sunaikintų senųjų Klaipėdos miesto kapinių.
Archeologijos mokslui svarbios dvi ekspozicijos. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje (Didžioji Vandens g. 2) pateikta Vakarų baltų priešistorė, genčių formavimasis iki Livonijos ordino užkariavimų. Antra svarbi archeologinė ekspozicija atskleidžia pilies bei miesto istoriją ir yra įrengta išlikusiose XVI–XVII a. Klaipėdos pilies poternose. Čia eksponuojama įdomiausia senojo Mėmelburgo archeologinė medžiaga. Veikiantis muziejus piliavietėje – sudėtinė jos atkūrimo proceso dalis.