Pagoniškos baltų gentys XIII a. tapo krikščionybę platinusių vokiečių riterių agresijos objektu. Kalavijuočiai nuo XIII a. pr. pradėjo lyvių, latgalių, kuršių ir kitų genčių nukariavimą. Prie Vyslos įsikūrę kryžiuočiai XIII a. 4 deš. pradėjo 50 metų trukusį prūsų genčių nukariavimą. Remiamas popiežių bei Vakarų Europos riterių, Vokiečių ordinas (kalavijuočiai 1237 m. prisijungė prie kryžiuočių) sugebėjo palaužti šių genčių pasipriešinimą. Kovų metu kalavijuočiai 1252 m. pastatė Klaipėdos pilį. Pasiekęs Nemuno upę, Vokiečių ordinas nuo XIII a. pab. pradėjo ilgametį karą su pagoniška Lietuvos valstybe. Nukariautų baltų genčių žemėse buvo įkurta Ordino valstybė. (Vėliau, prasidėjus Reformacijai, didysis magistras Albrechtas Brandenburgietis Ordino valstybę pavertė pasaulietine protestantiška Prūsijos kunigaikštyste (1525–1701 m.). 1701 m. kunigaikštystės teritorija tapo sudėtine Prūsijos karalystės dalimi ir gavo Rytų Prūsijos (Rytprūsių) pavadinimą. Vokietijos imperijai pralaimėjus Pirmąjį pasaulinį karą, Versalio taikos sutartimi nuo Rytprūsių buvo atskirtas Klaipėdos kraštas. 1923–1939 03 jį valdė Lietuva.)

Šioje ekspozicijos dalyje yra eksponuojami Prūsijos priešistorės ir Ordino valstybės žemėlapiai, taip pat XVI a. vid. sukurto prūsų herbo, XVI a. Dancigo kronikos iliustracijų, Ordino sostinės Marienburgo, Karaliaučiaus vaizdų, didžiųjų magistrų portretų antspaudų bei kt. kopijos. Stenduose galima išvysti IX–XII a. ietigalius, peilį iš Bandužių kapinyno, XIV a. arbaleto strėlių antgalius iš Klaipėdos piliavietės, Ordino keramikos pavyzdžių, koklių, keramikos ir kitų daiktų, aptiktų Klaipėdos pilies bei senamiesčio archeologinių kasinėjimų metu. Svarbiausią vietą užima Klaipėdos pilies maketas (autorius prof. habil. dr. V. Žulkus), rodantis XVII a. pilies situaciją.