Tarp pagrindinių užsienio partnerių, su kuriais po Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimo 1990 m. nuolat buvo bendradarbiaujama, keičiamasi parodomis, yra Rytprūsių kultūros centras Elingene ir Rytprūsių žemės muziejus Liuneburge (Vokietija). Per pastarąjį dešimtmetį muziejus surengė keletą parodų Vokietijos muziejuose. 2002 m. Mažosios Lietuvos istorijos muziejus dalyvavo tarptautinėje parodoje Danijos nacionaliniame muziejuje Kopenhagoje, skirtoje Baltijos jūros regiono pilims. Prancūzų sąsajos su Klaipėdos kraštu po Pirmojo pasaulinio karo pastūmėjo parengti parodą ir katalogą, kurie buvo pristatyti Paryžiuje, Montpeljė miesto Pėstininkų muziejuje ir Europos taryboje Strasbūre. Paroda apie Prūsų lietuvių emigraciją į Teksasą aplankė daugelį Lietuvos konsulatų, kultūros centrų JAV. Parodai buvo išleistas solidus katalogas lietuvių ir anglų kalbomis. Bendradarbiavimas Mažosios Lietuvos istorijos muziejų sieja ir su Varmijos bei Mozūrų muziejumi Olštyne, muziejumi skansenu Olštyneke (Muzeum Budownictwa Ludowego), Suvalkų apygardos muziejumi (Lenkija), Priešistorės ir ankstyvosios istorijos muziejumi Berlyne (Vokietija). Pastaraisiais metais prisijungta prie net po kelerius metus vykusių tarptautinių veiklų: kartu su Švedijos Kalmaro muziejumi ir partneriais įgyvendintas ES Interreg V-A Pietų Baltijos bendradarbiavimo per sieną projektas „Crossroads“/„Kryžkelės“, taip pat drauge su kitomis institucijomis iš Lietuvos, Italijos, Ispanijos, Slovėnijos bei Didžiosios Britanijos dalyvauta Erasmus+ projekte „AccessCULT“. Nuo 2022 m. Mažosios Lietuvos istorijos muziejus – Pilių ir muziejų aplink Baltijos jūrą asociacijos narys.